Setiap hari Senin pagi sebelum kegiatan belajar mengajar dimulai, setiap sekolah dari jenjang SD/MI, SMP/MTs, SMA/MA, SMK/MAK dan sederajat diwajibkan mengadakan upacara bendera hari senin, salah satunya adalah SMAS Baitul Arqom Balung. Pada tanggal 07 Januari 2018 adalah awal pelaksanakan upacara bendera semester genap. Upacara di mulai pada pukul 06.30 WIB yang diikuti oleh seluruh guru dan siswa-siswi SMAS Baitul Arqom. Adapun amanat pembina upacara bendera yang ditujukan kepada seluruh siswa/siswi SMAS Baitul Arqom adalah “pentingnya untuk selalu meningkatkan kedisiplinan diri siswa di awal semester genap tahun pelajaran 2018/2019”.
Sedangkan untuk tujuan upacara bendera setiap hari Senin di sekolah adalah untuk melatih kedisiplinan siswa serta memupuk rasa cinta tanah air dan bangsa ataupun menumbuhkan semangat jiwa nasionalisme. Arti Upacara bendera sendiri merupakan bentuk penghormatan kita terhadap para Pahlawan yang telah memperjuangkan Kemerdekaan. Upacara bendera juga mengajak kita untuk berjiwa nasionalis.